爵腓特烈二世结婚, 并且“已经怀孕”。
此举无疑是一桩惊天丑闻,查理王子气急败坏,立刻要求二人“为你们口中的谎言和可耻的背叛忏悔”,但女方的母亲却反常地对此给予了支持:“这不是很好吗?”得知这一风波后,胡安娜女王大惑不解,她甚至流下了激动的热泪, “我女儿得到了幸福, 对象也是一位效忠于哈布斯堡家族的忠臣, 这难道不是上帝赐予的恩典吗?把埃莉诺叫过来, 她的母亲要亲自祝福她的婚姻,希望她能比她母亲更幸福!”
她随后召见了埃莉诺公主和腓特烈二世, 以母亲和女王的身份祝福了他们的婚姻,并为他们举行了新的婚礼,托莱多大主教告诉她这样的行为会招惹葡萄牙的愤怒,女王的决定则是亲自弥补:针对葡萄牙的愤怒,她也好言相劝,甚至一度声泪俱下地握着葡萄牙大使的手请求原谅,她的泪水确实十分真挚,想到尸骨未寒的玛利亚王后,曼努埃尔一世终究还是心软了几分。
谈判中,胡安娜女王同意由她的次子斐迪南立刻迎娶曼努埃尔一世的长女伊莎贝拉公主,将她的幼女凯瑟琳许配给曼努埃尔一世的长子若昂,客观上,胡安娜女王确实解决了同葡萄牙的外交纠纷,这令朝臣对她是否有能力执政具有了一点信心------尽管她可能只是出于成全女儿爱情的目的。