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尼德兰的暴/动几番阻碍了查理五世南下意大利的计划,这令斐迪南三世多少有些不耐烦,在几番拖延都等不到兄长南下后,斐迪南三世终于忍无可忍,决定自己出兵意大利,他知道他这个决定会面临国内的压力,但他没有想到第一个反对者会是自己的母亲,向来极少主动过问政务的胡安娜女王在得知次子打算和外甥女抢夺那不勒斯王位后罕见地震怒,她以女王的名义公然反对进攻意大利,并威胁如果斐迪南三世执意如此,她将废除他共治者的身份。
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尽管在成年之后已经正式加冕,但斐迪南三世的所有命令都需胡安娜女王签字批准,名字次序也在母亲之后,大多数时候,胡安娜女王都不会对送到她面前的文件有多余的意见,除了这一次。
斐迪南三世不明白母亲对自己到底是什么态度,传言中她十分爱他的父亲,可这样的爱似乎并没有转移到父亲的孩子身上,除了最小的妹妹凯瑟琳,她很少表现出对子女的关爱,她关心远在英格兰的妹妹和外甥女还多一些,对于他,她有时也会做出一些她认为可以彰显她“母爱”的行为,在他批阅公文时突然出现摸一摸他的头,给他送来一些既不适合他阅读对他的孩子又过于艰涩的书籍,或者大张旗鼓地宣称她要送给他一份珍贵的礼物,结果却是带着他来到外祖父母和父亲的陵墓前祈祷数日,并告诉他她已经给他选好了一个位置合适的墓地。